Thèse Régulation de l'Épissage Alternatif et du Métabolisme dans les Cellules Stromales Mésenchymateuses H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Tours École doctorale : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV Laboratoire de recherche : Niche, Nutrition, Cancer Oxydatif Direction de la thèse : Frédéric PICOU ORCID 0000000220662146 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-04-20T23:59:59 Les CSM constituent un élément central du microenvironnement médullaire et jouent un rôle essentiel dans le maintien de l'hématopoïèse normale [1]. Dans le contexte leucémique, ces cellules sont profondément remodelées et participent activement à la leucémogenèse [2]. La compréhension des mécanismes par lesquels les CSM contribuent à ce soutien tumoral représente un enjeu majeur pour l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques, à l'interface entre génomique et métabolisme.
Au sein du laboratoire, des données comparatives entre CSM de donneurs sains et de patients atteins de LAM (leucémie aiguë myéloïde) ont été générées depuis plusieurs années, avec n>5 pour les analyses de : 1. transcriptome, 2. variants d'épissage alternatif, 3.méthylome, 4. immunophénotypage membranaire (CMF), 5. métabolome (MS), 6. métabolisme cellulaire, 6. lipidome, 7.secretome.
Les données précédentes montrent que l'approche au niveau transcriptomique est insuffisante pour comprendre le remodelage métabolique des CSM, mais que l'étude des variants d'épissage est suffisante pour différencier ces deux conditions expérimentales : Une approche au niveau épitranscriptomique semble donc nécessaire pour mieux définir les différences entre CSM de donneurs sains et de patients atteint de leucémie, notamment le switch métabolique impliqué dans la survie de blastes leucémiques [3]. L'ensemble des analyse bio-informatique est en cours et les résultats seront disponible avant le début de la thèse.
6.2 Objectifs de la thèse
- Valider les données de RNAseq-Nanopore sequencing par qPCR sur des variant d'épissage.
- Tester l'effet d'inhibiteurs de METTL3 (effecteur principal des modifications épitranscriptomiques) sur les cellules afin de tester la réversion du switch métabolique observé dans des CSM issus de patients.
- Tester la modulation de ces gènes (CrispR/Cas9) / voies de signalisation (pharmacomodulation) afin de mieux comprendre le contrôle du switch métabolique sur des cultures primaires ex vivo.
- Tester la capacité de soutien des CSM vis-à-vis de cellules normales et de cellules leucémiques.
6.3 Méthodes et collaborations envisagées
La manipulation des données de type -omics se fera sous R et python, via les calculateurs et les serveurs de stockage disponibles au laboratoire (in-house strategy). Ces intégrations pourront être accompagnées par l'équipe de PF Cartron (Nantes, long read transcriptomic) et L. Corcos (Brest, variant d'épissage) avec qui nous travaillons / avons déjà travaillé. Les données de patients et la génétique sont disponibles via les échantillons provenant d'essais cliniques enregistrées (HealthOx, Pr. O HERAULT, CHU de Tours et MIF-AML, Pr F. DELHOMMEAU, APHP).
Les cultures cellulaires / coculture sont en place au laboratoire (E. Ducrocq) et les cellules expandues ont été générées dans le cadre d'autres projets financés antérieurement [4]. La modification génétique (par CrispR-Cas9) de ces cellules a déjà été publiée par l'équipe [5], ainsi que la modulation de famille de protéines dans ces cellules [6]. Les stratégie d'évaluation du soutien de l'hématopoièse/leucémogenèse sont classiquement utilisées au laboratoire.
Analyse de l'expression de gènes dans un contexte leucémique complexe - multi-omic - Valider les données de RNAseq-Nanopore sequencing par qPCR sur des variant d'épissage.
- Tester l'effet d'inhibiteurs de METTL3 (effecteur principal des modifications épitranscriptomiques) sur les cellules afin de tester la réversion du switch métabolique observé dans des CSM issus de patients.
- Tester la modulation de ces gènes (CrispR/Cas9) / voies de signalisation (pharmacomodulation) afin de mieux comprendre le contrôle du switch métabolique sur des cultures primaires ex vivo.
- Tester la capacité de soutien des CSM vis-à-vis de cellules normales et de cellules leucémiques.
La manipulation des données de type -omics se fera sous R et python, via les calculateurs et les serveurs de stockage disponibles au laboratoire (in-house strategy). Ces intégrations pourront être accompagnées par l'équipe de PF Cartron (Nantes, long read transcriptomic) et L. Corcos (Brest, variant d'épissage) avec qui nous travaillons / avons déjà travaillé. Les données de patients et la génétique sont disponibles via les échantillons provenant d'essais cliniques enregistrées (HealthOx, Pr. O HERAULT, CHU de Tours et MIF-AML, Pr F. DELHOMMEAU, APHP).
Les cultures cellulaires / coculture sont en place au laboratoire (E. Ducrocq) et les cellules expandues ont été générées dans le cadre d'autres projets financés antérieurement [4]. La modification génétique (par CrispR-Cas9) de ces cellules a déjà été publiée par l'équipe [5], ainsi que la modulation de famille de protéines dans ces cellules [6]. Les stratégie d'évaluation du soutien de l'hématopoièse/leucémogenèse sont classiquement utilisées au laboratoire.

Le ou la candidate idéal(e) manifeste un fort intérêt pour l'informatique et l'analyse de données à grande échelle (« big data »). Rigueur et sens de l'organisation sont indispensables pour la gestion et l'exploitation de volumes importants de données.
Des connaissances en programmation, notamment en R et Python, pourront être acquises au cours du projet, mais constitueraient un atout appréciable. Peu de prérequis sont attendus en hématologie, ces compétences étant développées au fil de la thèse.
Un intérêt pour les mécanismes de régulation du métabolisme et de l'épissage alternatif sera particulièrement valorisé. Des connaissances en CrispR/Cas9 seraient également un atout. Une bonne capacité à communiquer en anglais est également souhaitée.